En Mayo de 1946 se puso la quilla de un buque escuela gemelo del "Juan Sebastián Elcano", su nombre era "Juan de Austria". Su destino completar a su hermano gemelo. Sin embargo ni su nombre ni su fin fueron los previstos. Su quilla se armaba en las gradas del astillero cuando sufrió graves desperfectos por la explosión ocurrida el 18 de agosto de 1947 en la Base de Defensas Submarinas. La explosión causó tal destrucción del astillero, que la construcción del velero quedó paralizada y el astillero al borde de la quiebra. Fue un hecho que modificó su futuro. Siete años tendrían que pasar hasta su botadura. Cuando lo hizo su nuevo nombre era "Esmeralda" y su propietaria la Armada Chilena.
Durante varios años España había importado miles de toneladas de salitre desde Chile para recuperar su agricultura devastada por la Guerra Civil, aprovechando un crédito del Gobierno de Chile, pero no había podido pagar los intereses y las cuotas del capital.
La última semana de Septiembre de 1950, el Consejero de la Embajada de España en Chile, don Eduardo Viada y su Agregado Naval, Capitán de Fragata Leopoldo Boado y Endiza, se entrevistaron con el Subsecretario de Marina, Contralmirante Pedro Espina Ritche, a quien le informaron la imposibilidad de efectuar los pagos del crédito y que España ofrecía pagar con productos manufacturados, entre ellos del área de construcción naval.
Al Contralmirante Espina le interesó el inconcluso "Juan de Austria", lo que informó al Comandante en Jefe de la Armada, Vicealmirante Carlos Torres Hevia, quien después de múltiples gestiones y la colaboración del Embajador de España en Chile, don José María Doussinague, consiguió la aprobación de la adquisición por parte del Presidente de la República, don Gabriel González Videla.
La proposición del Presidente fue aprobada por el Congreso Nacional por Ley Nº 10.233 del 27 de diciembre de 1951, con un costo de US$ 2.980.000.
Después de estudios en el terreno y cambio de algunas especificaciones técnicas, el 23 de Octubre de 1952, se firmó en Madrid el contrato de compra de un Buque Escuela en construcción. Representó a los astilleros el Contralmirante Jesús María de Rotaeche y Rodríguez Llamas y por Chile, el Excmo. Embajador en España, don Luis Subercaseaux Errázuriz.
El 12 de Mayo de 1953, a las 13.30 horas, coincidiendo con la más alta marea, se efectuó desde las gradas de los Astilleros de Cádiz S.A., el lanzamiento del casco del Buque Escuela.
La ceremonia se inició con la bendición del buque por parte del Obispo Tomás Gutiérrez. Se encontraban presentes el Excmo. Embajador de Chile en España, Oscar Salas Letelier, el Encargado de Negocios de Chile, don Fernando Orrego Vicuña y su distinguida esposa, señora Raquel Vicuña de Orrego, representantes de los Ministerios de Relaciones Exteriores, Comercio, los Almirantes Rotaeche y Estrada, el Presidente de la Sociedad Astilleros de Cádiz S.A. y numerosas autoridades locales, invitados especiales y público en general, concurrencia que llegó a las 5.000 personas.
Después de los discursos de rigor, la madrina, señora Raquel Vicuña de Orrego, siguiendo la costumbre marinera, tomó una botella de jerez, que era sostenida por cintas con los colores de las banderas de Chile y España, y la rompió en la roda del buque, con lo cual la nave se empezó a deslizar por la grada a los acordes de los Himnos Patrios de ambos países, mientras la multitud lanzaba vivas y agitaban pañuelos al aire, para expresar su regocijo.
El Buque Escuela tomó el nombre de "Esmeralda" en conmemoración al nombre de la fragata capturada en El Callao por el Almirante Lord Thomas Alexander Cochrane, en una audaz incursión en la noche del 05 al 06 de noviembre de 1820.
El 15 de junio de 1954, la Sociedad Astilleros de Cádiz S.A. hizo entrega del Buque Escuela "Esmeralda" al Gobierno de Chile, representado por el Excmo. Embajador en España, don Oscar Salas Letelier.
El 16 de Junio de 1954, el velero zarpó desde Cádiz al mando del Capitán de Navío Horacio Cornejo Tagle, con rumbo a Las Palmas de la Gran Canaria. Desde allí se dirigió a New Orleans, donde se instaló una planta destiladora.
Terminada la instalación, zarpó dirigiéndose al Canal de Panamá y posteriormente a Tongoy en Chile, donde fue recibido por la Escuadra. En este puerto se alistó para su recalada a Valparaíso.
Recaló a este puerto el 01 de Septiembre de 1954, en medio de un gran recibimiento por parte de los buques surtos en la bahía y por la ciudadanía porteña.
Desde esa fecha, han sido numerosos los Cursos de Guadiamarinas, Marineros, Cadetes y Grumetes que han navegado en sus cubiertas en diversos cruceros de instrucción.
Décadas más tarde adquiriría triste fama al ser utilizado como centro de internamiento por los militares golpistas que al mando del general Pinochet habían derrocado al gobierno de Salvador Allende.
Hace treinta años, el 11 de Septiembre de 1973, el general Augusto Pinochet derroca el gobierno constitucional chileno del Dr. Salvador Allende en un sangriento golpe de estado. Durante los 17 años de su dictadura, somete a Chile al imperio del terrorismo de estado, el más vil de todos los terrorismos en la medida que se ampara en el uso de la autoridad. Según datos oficiales, durante este período fueron brutalmente asesinadas por agentes del estado chileno unas 3.197 personas.
Inmediatamente después del 11 de Septiembre de 1973, el "Esmeralda" fue utilizado por la Armada de Chile como centro de detención y tortura en el puerto de Valparaíso, según ha sido fehacientemente demostrado por la Comisión Interamericana de Derechos Humanos de la OEA (Informe 24/OCT/74), Amnistía Internacional (Informe AMR 22/32/80), el Senado Norteamericano (Resolución 361-16/JUN/86) y el Informe de la Comisión Nacional (Chilena) de Verdad y Reconciliación (Tercera Parte, Capítulo I, Sección 2 f.2.).
Los testimonios de que el "Esmeralda" fue efectivamente usado como cámara de tortura flotante son múltiples y coincidentes.
Según el Informe de la Comisión Nacional de Verdad y Reconciliación, "En el caso del Buque Escuela "Esmeralda", las investigaciones practicadas por esta Comisión permitieron comprobar que una unidad especializada de la Armada se instaló en su interior con el objeto de interrogar a los detenidos que se encontraban en la misma nave y a los que eran traídos de otros recintos de reclusión de la Armada. Esos interrogatorios, por regla general, incluían torturas y malos tratos." La "especialización" de la mencionada unidad no necesita mayores explicaciones. Según el mismo Informe, los centros de detención de la Armada incluían los cargueros "Maipo" y "Lebu".
Durante sus años de navegación el Esmeralda ha recalado en más de 300 puertos de todo el mundo, correspondiéndole una destacada participación en su calidad de Buque Escuela y Embajada flotante, recibiendo en su cubierta fraternal, la visita de Jefes de Estado, Diplomáticos, Jefes Militares, medios de comunicación y público en general.
Ha participado en las Operaciones Vela de New York en 1964, 1976 y 1989; en la Osaka World Sail en 1983 y en las Regatas Internacionales de Veleros realizadas en 1964, 1976,1982, 1990, ganando el trofeo "Cutty Sark" en éstas dos últimas.
Durante sus cruceros batió el record mundial de velocidad media para este tipo de buque: 16 nudos durante una singladura.
Tiene una superficie vélica de 2.852 mts. cuadrados y 29 velas clasificadas en 6 foques, 4 cuadras, 5 estayes, 3 cangrejas, 3 escandalosas y 8 rastreras. La altura de los palos es de 48,5 mts.
Ha sido refaccionado en varias oportunidades, incluyendo tres cambios de motor.
