Inaugurada el 23 de diciembre de 1943 en el sector sur de Santiago, la Ciudad del Niño fue ideada como un ambicioso proyecto que buscaba conjugar el ideal de protección de la infancia desamparada con un modelo de atención familiar, a través de un sistema de pabellones a cargo de un matrimonio.

Las críticas al sistema de reformatorios, notablemente semejantes a las cárceles, dieron vida a este proyecto, impulsado por el ministro Oscar Gajardo. La iniciativa, inspirada en la Ciudad del Niño (Boys Town) creada en Omaha, Estados Unidos, por el sacerdote Edward J. Flanagan en 1921, contemplaba una verdadera ciudad en miniatura, con talleres, una escuela, gimnasio y áreas de esparcimiento.

La institución quedó a cargo del Consejo de Defensa del Niño, la que contaba con una importante participación del Estado, aunque jurídicamente era privada. En los años 70 comenzó a perder importancia, cuando las nuevas políticas sociales limitaron el aporte del Estado a los organismos colaboradores del Servicio Nacional de Menores (Sename), creado en 1979.

Durante la década de 1990 y en especial a partir del Plan Nacional para la Infancia y la Adolescencia del 2002, se desincentivó la "internación" de niños, proceso que se aplicó a la Ciudad del Niño. Poco después el Consejo de Defensa del Niño vendió los terrenos de la Ciudad del Niño y se concentró en los restantes hogares que mantiene.