Instalado en un principio como asiento minero, fue fundada como ciudad por orden de José Antonio Manso de Velasco bajo el nombre de Villa de San Francisco de la Selva de Copiapó.

El Corregidor y lugarteniente de alcalde mayor de minas, Francisco Cortés y Cartavío, responsable de la fundación de la villa en el valle de Copiapó, aseveró que era muy necesaria establecer una ciudad "...en consideración de los repetidos informes que le dieron los señores obispos, quienes prácticamente reconocieron en las visitas el modo con que vivían expresos (sic) en estos vastos territorios, con tan ninguna doctrina en los documentos cristianos y políticos; procediendo de esto muchos excesos pecaminosos motivados de no estar congregados en lugar donde sean instruidos en los documentos cristianos y políticos". (Acta de Fundación de Copiapó, 1995 [1744]:pp. 288].